国家级高新技术企业：
根据《高新技术企业认定管理办法》规定在《国家重点支持的高新技术领域》内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动，在中国境内（不包括港、澳、台地区）注册一年以上的居民企业。其认定由科技部组织各省市自治区科委开展。国家高新技术企业获得国家高新技术企业证书后，可以到主管税务机关办理减税、免税手续，一般按15%的税率征收企业所得税。
中关村高新技术企业:
中关村高新技术企业相当于北京市级的高新技术企业。注册在中关村科技园区以及中关村管委会和有关区县政府共建的高新技术产业基地内均可申请。其认定由中关村管委会组织各分园自主开展，其认定的标准相对国家级高新技术企业要相对宽松些。纳入中关村高新技术企业统计的企业，不论是否获得国家高新技术企业证书，均可享受在示范区实施的系列政策措施；但如果没有获得国家高新技术企业证书，在企业所得税优惠方面享受不到国家高新技术企业的优惠政策。
整体来看国高新的优势基本是碾压中关村高新的，当然，每个资质有每个资质的好处，如果企业现在不能满足国家高新的申报条件，可以先申请中关村高新提升企业资质，也为以后申报国家高新打下基础积累经验。
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