高新技术企业创新能力评价，是一个百分制的评分过程，也是高新企业认定工作中最重要的部分。主要从知识产权、科技成果转化能力、研究开发组织管理水平、企业成长性等四项指标进行评价。各级指标均按整数打分，满分为100分，综合得分达到70分以上（不含70分）为符合认定要求。
1、核心自主知识产权（30分）
《认定办法》规定的核心自主知识产权包括：发明、实用新型、以及非简单改变产品图案和形状的外观设计、软件著作权、集成电路布图设计专有权、植物新品种。
2、科技成果转化能力（30分）
年内科技成果转化的年平均数。
3、研究开发的组织管理水平（20分）
制定了研究开发项目立项报告;建立了研发投入核算体系；开展了产学研合作的研发活动；设有研发机构并具备相应的设施和设备；建立了研发人员的绩效考核奖励制度。
4、成长性指标（20分）
此项指标是对反映企业经营绩效的总资产增长率和销售增长率的评价，各占10分。
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